Ben pour gérer les versions tu peux utiliser Git ou SVN et faire une branche par version.
Sinon, avant de faire la redirection tu mets une RewriteCond afin de vérifier si l'URL demandée ne pointe pas vers un fichier existant, auquel cas tu ne réécrit pas l'URL.
Sinon dans chaque dossier V1, V2, tu mets un lien symlink vers les ressources.
Sinon, avant de faire la redirection tu mets une RewriteCond afin de vérifier si l'URL demandée ne pointe pas vers un fichier existant, auquel cas tu ne réécrit pas l'URL.
Sinon dans chaque dossier V1, V2, tu mets un lien symlink vers les ressources.